e-Fatura sadece e-Fatura yükümlüleri arasında kesilir ve gönderilir. Hem alıcının hem de göndericinin de e-Fatura sistemine kayıtlı olması gerekir. e-Arşiv Fatura ise göndericilerin e-Fatura, alıcıların ise kağıt fatura kullanması halinde düzenlenir. e-Fatura kullanıcısı olmayan tüm kişi ve kuruluşlara e-Arşiv Fatura düzenlenir.
e-Fatura'da tüm faturalar önce Gelir İdaresi Başkanlığı'na iletilir. GİB e-faturayı alıcısına iletir. e-Arşiv Fatura de ise GİB'e sadece ay sonlarında bir rapor ile iletilmektedir.
e-Fatura uygulamasında faturalar, elektronik bir ortamda alıcıya iletilir. Kağıt çıktısı alınamaz. e-Arşiv Fatura 'de ise hem elektronik ortamda gönderim yapılabilir, hem de kağıt fatura çıktısı alınabilir.
e-Fatura'nın formatı zorunludur. Oysa e-Arşiv Fatura'da serbest format kullanılır.